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ctDNA提取試劑盒對(duì)血漿樣本長(zhǎng)期儲(chǔ)存穩(wěn)定性影響的實(shí)驗(yàn)研究
更新時(shí)間:2024-03-20
技術(shù)文章
循環(huán)腫瘤DNA是來(lái)源于腫瘤細(xì)胞并釋放到血液中的核酸片段,因其具有非侵入性、實(shí)時(shí)反映腫瘤基因狀態(tài)等特性,在腫瘤早期診斷、療效監(jiān)測(cè)及預(yù)后評(píng)估等方面展現(xiàn)出巨大潛力。然而,血漿樣本的長(zhǎng)期儲(chǔ)存可能導(dǎo)致ctDNA降解或損失,因此,選擇能有效保持ctDNA穩(wěn)定性的提取試劑盒至關(guān)重要。
一、實(shí)驗(yàn)方法與材料:
本研究選取了市售主流的五種
ctDNA提取試劑盒
,并收集了一批來(lái)自不同腫瘤類(lèi)型的患者新鮮血漿樣本,按照標(biāo)準(zhǔn)操作程序進(jìn)行處理后,將其分為短、中、長(zhǎng)期(如1個(gè)月、3個(gè)月、6個(gè)月、12個(gè)月)四個(gè)時(shí)間點(diǎn)進(jìn)行冷凍保存。各時(shí)間點(diǎn)分別使用選定的試劑盒進(jìn)行ctDNA提取,通過(guò)qPCR、ddPCR等技術(shù)檢測(cè)特定腫瘤相關(guān)突變基因的豐度。
二、實(shí)驗(yàn)結(jié)果與分析:
實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示,所有試劑盒在短期儲(chǔ)存血漿樣本中均能有效提取ctDNA,但在長(zhǎng)期儲(chǔ)存條件下,部分試劑盒表現(xiàn)出優(yōu)異的性能,能夠保持ctDNA完整性,其提取效率僅輕微下降或無(wú)顯著變化。對(duì)比分析表明,含有特殊保護(hù)劑以及優(yōu)化的裂解、純化步驟的試劑盒,在長(zhǎng)期儲(chǔ)存樣本中ctDNA的穩(wěn)定性和提取效果更佳。
ctDNA提取試劑盒
的選擇對(duì)于確保血漿樣本長(zhǎng)期儲(chǔ)存后的ctDNA穩(wěn)定性具有直接影響。本研究揭示了某些ctDNA提取試劑盒在應(yīng)對(duì)血漿樣本長(zhǎng)期儲(chǔ)存挑戰(zhàn)時(shí)所具備的優(yōu)勢(shì),有助于指導(dǎo)未來(lái)臨床實(shí)踐和科研工作中ctDNA檢測(cè)方案的設(shè)計(jì)與實(shí)施。此外,為進(jìn)一步提升ctDNA長(zhǎng)期儲(chǔ)存的穩(wěn)定性,有必要繼續(xù)研發(fā)針對(duì)性更強(qiáng)、效果更優(yōu)的提取技術(shù)和試劑盒產(chǎn)品。
后續(xù)研究可進(jìn)一步探究血漿樣本儲(chǔ)存條件(如溫度、凍融次數(shù)等)與ctDNA穩(wěn)定性之間的具體關(guān)系,并結(jié)合生物信息學(xué)手段對(duì)提取出的ctDNA質(zhì)量進(jìn)行深度評(píng)價(jià),以推動(dòng)ctDNA作為液體活檢標(biāo)志物在精準(zhǔn)醫(yī)療領(lǐng)域更為廣泛而精確的應(yīng)用。
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